EURGen-RefLabCap was initiated as a four-year project on the “provision of EU networking and support for public health reference laboratory functions for antimicrobial resistance in priority healthcare- associated infections” by the Consumers, Health, Agriculture and Food Executive Agency (CHAFEA), on behalf of the Directorate-General for Health and Food Safety (DG SANTE of the European Commission) and in close cooperation with the European Centre of Disease Prevention and Control (ECDC). The project started in December 2020 and finished in December 2024.
The contractors were the Technical University of Denmark (DTU Food, Denmark) and the Statens Serum Institut (SSI, Denmark).
The final report is available for download.
Summary
The EURGen-RefLabCap project provided networking and technical support activities to the public health national reference laboratories (NRLs) in 37 European countries, with the goal of controlling the threat to human health caused by antimicrobial-resistant pathogens, in those countries and across borders.
The priority pathogens targeted by the project were healthcare-associated carbapenem- and/or colistin-resistant Enterobacterales (CCRE), Pseudomonas aeruginosa (CRPa) and Acinetobacter baumannii (CRAb).
The support aimed at strengthening the quality of antimicrobial resistance (AMR) surveillance systems by taking advantage of whole-genome sequencing (WGS) technology, leading to improved capacities and capabilities for testing and typing priority pathogens, detecting AMR and performing surveillance and outbreak investigations by the participating NRLs and associated local networks of clinical laboratories (CLs).
Support was provided through activities such as network meetings, technical training courses, external quality assessment exercises and virtual simulated exercises for outbreak investigation. Targeted support was provided to a subset of countries defined as priority countries (PCs) including country visits and the opportunity to conduct genomic pilot studies and receive sequencing equipment.
All activities carried out during the project had very positive outcomes and led to beneficial developments in the NRLs. Capacities and capabilities were developed in all main areas of the project, which has improved AMR surveillance in Europe.
Résumé
Le projet EURGen-RefLabCap a fourni des activités de mise en réseau et de soutien technique aux laboratoires nationaux de référence (LNR) de santé publique de 37 pays européens dans le but de contrôler la menace pour la santé humaine causée par les pathogènes résistants aux antimicrobiens, dans ces pays et au-delà des frontières.
Les agents pathogènes prioritaires ciblés par le projet étaient les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes et/ou à la colistine (CCRE), Pseudomonas aeruginosa (CRPa) et Acinetobacter baumannii (CRAb).
Ce soutien vise à renforcer la qualité des systèmes de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) en tirant parti de la technologie du séquençage du génome entier (whole-genome sequencing -WGS), ce qui permettra d'améliorer les capacités de test et de typage des agents pathogènes prioritaires, de détection de la RAM et de réalisation d'enquêtes de surveillance et d'épidémies/outbreak par les laboratoires nationaux de référence participants et les réseaux locaux de laboratoires cliniques qui y sont associés.
Le soutien a été fourni par le biais d'activités telles que des réunions de réseautage des cours de formation technique, des exercices d'évaluation externe de la qualité et des exercices virtuels de simulation d'enquête sur les épidémies. Un soutien ciblé a été apporté à un sous-ensemble de pays définis comme prioritaires (PCs), notamment par des visites dans les pays et la possibilité de mener des études pilotes en génomique et de recevoir du matériel de séquençage.
Toutes les activités menées au cours du projet ont eu des résultats très positifs et ont conduit à des développements bénéfiques dans les LNR. Des capacités ont été développées dans tous les principaux domaines du projet, ce qui a amélioré la surveillance de la RAM en Europe.
Funded by the European Union Service Contract no. SC 20197401